Die Evangelische Kirche von Wartjenstedt trug seit ihrer Gründung vermutlich das Patrozinium St. Maria, was heute jedoch nicht mehr sicher belegbar ist. Der Ort wurde vermutlich im 12. Jahrhundert gegründet und hatte von früher Zeit an bereits eine Kirche. Mehrfach wurde die Kirche um- oder neugebaut. Auch der Ort selbst erlebte eine wechselvolle Geschichte.
Der heutige neugotische Werksteinbau mit eingezogenem Polygonalchor und Sakristeianbau an der Südostecke zwischen Chor und Schiff wurde in den Jahren 1870 bis 1872 errichtet. Die Entwürfe stammen von Conrad Wilhelm Hase (*1818 + 1902). Gedeckt ist das Kirchenschiff mit einem Satteldach mit Walm über dem Chorraum. Von aussen dominieren die stark hervortretenden Strebepfeiler und breite, dreibahnige Spitzbogenfenster.
Der romanische Westturm ist durchgehend quadratisch und seine achteckig ausgezogene Spitze ist mit Schiffer bedeckt. Der Turm wurde aus Bruchsteinen aufgemauert und besitzt eine Eckquaderung. Die Schallarkaden der Glockenstube sind nach Norden und Süden gerichtet. Uhrenzifferblätter sind ebenfalls vorhanden.
Im Inneren bildet der Altar aus dem Jahre 1873 mit Altarretabel und Kreuz das Zentrum. Die Orgel stammt aus dem Jahr 1873/1874.
Im Turm läutet ein Sthal- Bronze- Mischgeläut in der Melodielinie einer kleinen Terz.
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