Im Güterverzeichnis des Salzburger Bischofs Arno ist Stefanskirchen bereits 788 erwähnt. Es kann angenommen werden, dass hier von Anfang an ein Heiligtum des Hl. Stephanus gestanden hat. Am 22. Mai 1204 erhielt das Innkloster Gars die Pfarrei Stefanskirchen durch Erzbischof Eberhardt II.
Das romanische Fenster hinter dem Altar lässt auf die Erbauung der Kirche in der romanischen Zeit schließen. Damals war das Gotteshaus niedrig und klein. 1971 konnten die Fresken aus der Spätgotik im Altarraum aufgedeckt werden. Bei den Renovierungsarbeiten in den Jahren 1882 bis 1887 wurde die damals barocke Kirche erweitert und im Stil der Neugotik umgestaltet.

Im Turm der Kirche läuten vier Glocken in einem Stahlglockenstuhl. Das Geläut bildet die Melodielinie des Salve Regina.