Bereits 776 ist in der ersten urkundlichen Erwähnung von Baierbrunn auch von einer steinernen Kirche die Rede. Um 1175 wird in den "Schäftlarner Traditionen" eine Kirche zu Ehren des Hl. Apostels Petrus erwähnt. Nach 1501 wird sie völlig erneuert, vermutlich stammt ein Teil des Baumaterials aus der 1421 zerstörten Baierbrunner Burg.
Am 17. Mai 1632, also mitten im 30jährigen Krieg, zerstören schwedische Reiter das Dorf und auch die Kirche. Es dauert 54 Jahre, bis 1686 mit einem Neubau begonnen werden kann. Den Entwurf liefert der Müncher Stadtmaurermeister Martin Gunetzrhainer, der auch die Bauleitung inne hat. Erst 1702 bekommt der Turm seine heutige Gestalt, und am 23. Juni 1709 wird die Kirche feierlich eingeweiht.

Im Turm läuten drei Glocken, in der Melodielinie des Te Deum. Die Glocken hängen an geraden Stahljochen in einem Stahlglockenstuhl.

Im Geist der Ökumene finden in der alten Kirche auch regelmäßig evangelische Gottesdienste statt.