Schon die erste bekannte Holzkirche in Obertaufkirchen aus dem 8. Jahrhundert galt als Taufkirche. Die wahrscheinlich baufällig gewordene Holzkirche musste in der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts dem ersten Steinbau an dieser Stelle weichen. Um 1150 registrieren wir die Fertigstellung einer romanischen Kirche, die wesentlich kleiner als die heutige Pfarrkirche St. Martin und Magdalena war. An der Süd-, West-, und Nordseite des Langhauses sind die ca. einen Meter dicken Mauern aus der romanischen Zeit erhalten. Auch im Erdgeschoss des Westturms befindlichen Vor- oder Eingangshalle finden wir noch Spuren aus der romanischen Zeit. Im 15. Jahrhundert wurde die Kirche vergrößert und gotisiert. An diese Bauepoche erinnern einige Ornamente im hinteren Kirchenteil. 1777 wurde die Kirche im Stil des Rokoko restauriert. Am Hochaltar erkennt man des Frührokoko mit acht Säulen. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Pfarrkirche von Obertaufkirchen zu klein. Erzbischof Bettinger regte damals die Einschiebung eines Zentralbaus an, und 1910 wurden die entsprechenden Pläne genehmigt.

Im Turm befinden sich (in einem Stahlglockenstuhl) fünf Stahlglocken, die in der Melodielinie eines erweiterten Idealquartetts erklingen. In der Ebene oberhalb des Stahlglockenstuhls hängt noch eine historische Glocke, die nicht mehr geläutet wird.