1514 beschlossen die Bauern an den Hängen des Peißenbergs, die bislang zur Peitinger Pfarrkirche gingen, eine gemauerte Kapelle auf der Höhe des Berges zu errichten. Zur Weihe schenkte der herzogliche Pfleger von Schongau, Georg von Pienzenau aus der dortigen Schlosskapelle eine geschnitzte Muttergottes-Figur. (2. Hälfte 15. Jh.) – ein erstes Wunder desselben Jahres war der Beginn einer Wallfahrt. Rottenbucher Augustiner-Chorherren übernahmen die Kapelle und betreuten die Wallfahrer (1601 bestätigt). Bald wurde an die kleine Kapelle ein westliches Langhaus angebaut. Im 18. Jahrhundert wirken in der Kapelle große Künstler an der herrlichen Rokoko-Ausstattung (J. Schmuzer, F.X. Schmuzer, F.X. Schmädl, der Hohenpeißenberger Bauernsohn M. Günther) – Gnadenaltar, Stuckierung, Gemälde. Das Deckengemälde stellt die wichtigsten Ereignisse der Wallfahrtsgeschichte dar. Die Kirche thront weithin sichtbar auf dem Hohenpeißenberg.
In den Jahren 2006-2012 wurde die Kirche grundlegend renoviert. Im Rahmen dieser Maßnahme hat man die, bis dahin vorhandenen, Stahlglocken durch Bronzeglocken ersetzt. Das Geläut wurde 2012 von Perner/Passau gegossen. Die Glocken hängen in einem Holzglockenstuhl, der ebenfalls im Rahmen der Gesamtrenovierung eingebaut wurde. Sie erklingen in der Melodielinie des Salve Regina mit Oberoktav.
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